Двигаясь на северо-запад, Магеллан вскоре пересёк экватор. Это произошло в феврале 1521 года. Уже 6 марта они достигли Марианских и Гуамских островов. Магеллан назвал остров Гуам «парусным островом», так как там было много парусных судов.

16 марта Магеллан достиг островов Филиппин и стал первым европейцем, который оказался в этих местах. Магеллан мог общаться с местными жителями, так как рядом с ним всегда находился переводчик-малаец Энрике, который сопровождал его во многих путешествиях.

Остановившись на острове Себу (Филиппины) Магеллан был хорошо принят королём острова. Кроме того, благодаря Магеллану король принял Христианство. Но, к сожалению, дружба с владыкой острова привела Магеллана к смерти.

Вместе они начали борьбу против врага местного владыки. Магеллан был убит во время стычки между племенами. К сожалению, испанцы даже не смогли забрать тело Магеллана, так как местные жители отказались отдать его. В своём завещании Магеллан дал свободу Энрике, но новый командир корабля не выполнил пожелание Магеллана.

Энрике смог сбежать с помощью местных жителей. Командование кораблями взял на себя Себастьян дель Кано. Из-за того, что многие члены команды погибли, осталось только115 человек, дель Кано сжёг корабль « Консепсион», чтобы никто не мог его использовать в последствии.